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title: "TP6 : Modèles mixtes et design de plans"
author: "LBRAI2222"
date: '`r format(Sys.time(), "%B %d, %Y")`'
output:
  html_document: # options pour la mise en page des sortie HTML
    smart: FALSE
    code_folding: hide #  Cache le code  
    collapsed: yes # Crée un document unique 
    fig_caption: yes # Figures encapsulées ? 
    fig_height: 5 # Hauteur par défaut des figures
    fig_width: 8 # Largeur par défaut des figures
    highlight: tango # Style de mise en valeur du code
    number_sections: yes # Ajout table des matières 
    theme: united  # Style du document
    toc: no 
---
  
```{r setup, include = FALSE}
# Pour éviter que Rmd mette par défaut deux # au début de chaque ligne de code:
knitr::opts_chunk$set(comment="") 

# Liste des packages à charger
require(pander) # Afficher de jolis tableaux
panderOptions('missing', '') # Là où les données contiennent des Na, ne rien afficher
require(ggplot2)
theme_set(theme_classic()) # Afficher les graphes ggplot avec un fond blanc

# TP2:
require(lme4)
require(lmerTest)
require(plot.matrix)
```
# . Introduction  

Voici une expérience au champ investigant les effets de quatre fongicides (F1, F2, F3,
F4) sur le rendement de la pomme de terre, en comparaison avec un contrôle (sans traitement). On soupçonne l’existence d’un gradient naturel entre les parcelles, orienté Nord-Sud. Les chercheurs ont donc décidé de réaliser 4 blocs orientés Est-Ouest.  

# . Chargez les données et observez à quoi elles ressemblent. De quel type de plan d'expérience s'agit-il ?   

```{r}

```

# . Maintenant que vous voyez à quoi ressemblent vos données, écrivez l'équation d'un modèle qui permettrait de prédire les effets des quatres fongicides malgré la présence du gradient naturel. Affichez le `summary` de votre modèle.

```{r}

```

# . Sur base des résultats de votre modèle quels fongicides ont un effet significatif sur le rendement ?  

```{r}

```

# . Calculez le SED puis le LSD ($\alpha$ = 0.05). La différence entre la moyenne des plantes avec le fongicide 1 par rapport aux plantes témoins est-elle plus petite, plus grande ou égale au LSD ? Est-ce que cela vous paraît logique étant donné votre réponse à la question précédante ?  

```{r}

```