En introduction, les notions de (bio)pesticide, produit phytopharmaceutique, biocide et substance active sont clarifiées et l'importance et les contraintes de la phytopharmacie sont documentées et discutées.
Les éléments suivants sont approfondis :
1.  Evolution dans les produits phytopharmaceutiques (fongicides, insecticides et herbicides, biopesticides) et analyses de leurs modes d'action, des utilisations, des risques de développement de résistance et des stratégies anti-résistance pour les diverses familles de substances actives.
2. Avantages et contraintes des divers types de formulations et modes d'application des pesticides. 
3. Effets secondaires des pesticides et éléments de toxicologie des pesticides et de leurs résidus et du devenir des pesticides dans l'environnement.
4. Législation et règlementation encadrant l'agréation et l'utilisation des produits phytopharmaceutiques et biostimulants
5. Bonnes pratiques phytosanitaires et systèmes de protection intégrée des cultures.
6. Contrôle biologique  des insectes, analyse approfondie des mécanismes de croissance des populations et de leurs fluctuations et études des systèmes plantes-insectes, proies-prédateurs et hôtes-parasitoïdes.
7. Contrôle biologique des nématodes, méthodes chimiques, pratiques culturales, amélioration génétiques, contrôle biologique par bactéries, champignons, plantes allélopathiques.
8. Contrôle biologique des maladies dues à des virus, bactéries ou champignons phytopathogènes, analyse des possibilités et contraintes liées à la limitation du développement par l'introduction et/ou la stimulation d'organismes compétiteurs ou parasites ainsi que par l'induction d'une résistance chez la plante.  Paramètres techniques et réglementaires à prendre en considération.
Après la présentation de ces éléments par les enseignants, des séminaires sont organisés durant lesquels les étudiants appliquent les concepts et développent, d'une façon appliquée, les stratégies de contrôle des maladies dans une filière de production.