Le cours a pour objectif de décrire les stratégies de communication et les mécanismes physiologiques et moléculaires impliqués dans les interactions entre micro-organismes et plantes. Le cours sera subdivisé en cinq  parties principales illustrant les relations antagonistes ou symbiotiques.
a) Virus phytopathogènes. Cycle type d'un virus, génome viral, classification, mouvement du virus dans la plante. Interaction avec les vecteurs et transmission. Interférence avec l'hôte, pathogenèse virale.
b) Bactéries phytopathogènes et endophytes. Cycle type d’une bactérie phytopathogène, génome bactérien, exemples. Déterminants de la virulence, hypersensibilité. Systèmes de sécrétions, effecteurs, interaction avec la plante-hôte.
c) Champignons phytopathogènes. Spécificités des champignons : structure inframicroscopique, caractéristiques chimiques et biochimiques, croissance végétative et cycle cellulaire. Sources et modèle de diversité des populations. Interactions plante-pathogène : stratégies d'infection, pathogenèse, mécanismes de défense de la plante.
(d) Nématodes phytopathogènes. Cycles de vie, caractéristiques anatomiques et morphologiques, mécanismes d’infection et réponse de la plante.
(e) Champignons mycorhiziens et bactéries symbiotiques (Rhizobium). Cycles de vie, mécanismes moléculaires de reconnaissances entre plantes et symbiotes, processus de colonisation et mise en place des interfaces. d’échanges, Similarités/dissimilarités évolutives entre symbioses bactériennes et fongiques. Hypothèses du caractère asymbiotique de certaines plantes.