Ce cours s'inscrit, au niveau du Bac BIR, à la fin de la filière Biologie Cellulaire ' Biologie de l'organisme ' Physiologie. Il fera également appel à des notions d'informatique et de probabilités/statistiques. Idéalement, il devrait intervenir après l'analyse des systèmes et la bio-climato/hydrologie.

Le premier volet concerne les mécanismes de perception et de communication qui garantissent l'intégration de la croissance des organes, du développement phénologique de la plante et de la réponse à des contraintes extérieures. Les messagers considérés sont les hormones et les métabolites secondaires. Les thèmes développés sont la régulation du développement phénologique et l'éliciation des mécanismes de défenses naturelles. Ces parties introduisent les biotechnologies, l'écophysiologie, l'horticulture et la phytopathologie. Le second volet concerne les notions d'efficience définies au niveau de l'organisme. Les trois efficiences considérées sont l'efficience d'utilisation de l'eau (conductances, climat, photosynthèse, sol), l'efficience d'utilisation de la lumière (interception et translocation, climat, photosynthèse) et l'efficience d'utilisation de l'azote (biochimie (prélèvement et utilisation), photosynthèse et sol). Le troisième volet concerne le fonctionnement de l'organisme sous contraintes abiotiques. Les thèmes abordés sont les déficiences (eau, azote, phosphore) et les excès (eau, sel, métaux).